1960年,藤井从《服饰》杂志跳到日本设计中心(Japan Design Center)当摄影师,主要是拍丰田汽车。那时候,日本还不是汽车大国,日本摄影师还不知道怎么在影棚内拍汽车。藤井买来玩具小汽车,把光源通过钢笔粗细的管照射到车身上,从不同的角度、亮度、侧面来研究车的造型。他翻阅大量资料,试验出了一套通过光的反射、折射、漫射、反光板补光、消除环境反射在车身上的影像等的方法,与一些著名摄影师合作,拍摄了一批风行一时的汽车广告照片(如当时流行的“我爱花冠”的汽车广告照片),成为当时拍汽车的大腕。
1963年,藤井离开了日本设计中心,开了自己的工作室,成为一名自由摄影师,并重新回到自己喜爱的时装人像摄影,成为国际知名的时装人像摄影师。在1990年代推出F-Graphy和New F-Graphy之后,又在21世纪初期进入了记录摄影的拍摄,并于2002年出版了《藤井秀树写真集——柬埔寨吴哥儿童医院》(Angkor Hospital For Children)。