昆剧的兴盛和它称霸剧坛的时间约长达二百三十年久,即从明代隆庆、万历之交开始,到清代嘉庆初年(1570-1800)。这是昆剧艺术最有光辉和成就最为 显著的阶段,出现“家家收拾起、户户不提防”的繁荣景象。剧作家的新作品不断出现,表演艺术日趋成熟,行当分工越来越细致。从演出形式看,由演出全本传奇,变为演出折子戏。折子戏的演出既删除了软散的场子,又选出剧中的一些精彩的段落加以充实、丰富,使之成为可以独立演出的短剧。折子戏以其生动的内容,细致的表演,多样的艺术风格弥补了当时剧本的冗长、拖沓、雷同的缺陷,给昆曲演出带来生动活泼的局面。出现了一批生、旦、净、丑本行为主的应工戏,是观众百看不厌的精品。
这一阶段里,昆山腔兴盛使得文人创作如春潮般涌起,名家名作层出不穷。在戏剧史上、文学史上第一流的作品如汤显祖的“临川四梦”(《牡丹亭》、《南柯记》、《邯郸记》、《紫钗记》),洪昇的《长生殿》、孔尚任的《桃花扇》都产生在这个时期,稍次的作品但影响也很大的有沈景的《义侠记》,高濂的《玉簪记》、周朝俊的《红梅记》、汪廷纳的《狮吼记》、徐复祚的《红梨记》、李玉的《一捧雪》和《占花魁》、朱佐朝的《渔家乐》、朱素臣的《十五贯》、方成培的《雷峰塔》等等。在漫长的岁月里,昆剧不断地遵循要求自身发展必须兼收并蓄的艺术规律,不但把原先根本不是昆山腔唱的“北曲”逐步改造适应,使之成为“北曲南唱”吸取过来,且和同时盛行各地的弋阳腔交流频频,和弦索调、调腔、吹腔、小曲等也不拒绝。还把说唱艺术、舞蹈等成份有意揉合在演出中使表演形式绚烂多彩。
昆剧的繁盛时期,拥有大批技艺高超的演员。昆曲演员主要来自三个方面:一是民间戏班的职业艺人,从京城到乡镇都有专业昆腔班,流动演出于各地,涌现出一大批各个行当的精英;二是士大夫蓄养的家班、家乐,以示风雅,凡名妓、家姬都能串戏,士大夫本身也是串戏迷,其水平不亚于专业戏班,其中不乏出类拔萃的人才;三是业余“串客”,士农工商皆会唱曲。每年在苏州虎丘“千人石”举行盛大的群众性的唱曲比赛,虎丘曲会传承至今。万历时期,著名演员有蒋六、宇四等,著名的昆曲戏班有南京的沈周班,士大夫蓄养的家班有申时行、张岱等。明末清初,士大夫蓄养家班成风,著名的有阮大铖家班、长洲尤桐家班等。著名戏班有北京的聚和、三也、可娱,南京的兴化。苏州的寒香、凝碧等。
其时,戏曲理论研究相当活跃,明代研究唱曲的论著有魏良辅的《南词引正》、沈宠绥的《弦索辨讹》和《度曲须知》。从明代中叶起,戏曲创作日渐繁荣,各种曲谱应运而生。先是蒋孝根据陈白二氏旧编《南九宫目录》及《十三调南曲音节谱》编成《南九宫谱》,万历音,沈景据蒋谱面编订了《南九宫十三调曲谱》。明末,沈景的族侄沈自晋又将沈景《南九宫十三调曲谱》增补为《南词新谱》。明代人写北曲遵循的曲谱有朱权的《太和正音谱》,明末又有徐于室初辑,李玉编成的《北词广正谱》。关于戏曲作家与作品研究的专著,则应推吕天成《曲品》和祁彪《远山堂曲品剧品》,王骥德《曲律》则是中国戏曲史上第一部全面的、系统的、独创性的理论著作。清代的唱腔曲谱有乾隆十一年(1746) 编成的《九宫大成南北词宫谱》,乾隆五十四年(1789)编成的《吟香堂曲谱》,乾隆五十七年(1792)编成的《纳书楹曲谱》等。