至光绪年间,昆剧开始没落。“北京的梨园子弟学戏,在同光年间尚是昆乱并学,到光绪庚子之后,则专学皮黄了”(梅兰芳)。上海的昆班活动,同光年间以三雅园为主,昆班的力量逐渐分化削弱。光绪十七年起直至民初,以张氏味莼园(张园)的活动为主,其间曾聘苏州昆班、宁波昆班来沪演出,但不过是苟延残喘而已,至此昆班力量全部瓦解。在苏州,尚存戏园三家,演剧之风比之于乾、嘉间相差甚远,四大“坐城班”,即“大章”、“大雅”、“全福”、“鸿福”,为了营业不得不跑向江湖、外出谋生。“大章”与“大雅”先期解散,部分演员归入“鸿福”或“全福”,其余或转入京班、或当“拍先”度日。作为昆曲支派的宁昆、永昆与湘昆也先后没落了。
北方的昆剧班社与南方有不同之处,咸丰以来面向广大观众的昆班已经绝迹,但在晚清,名公宗室内部私办的昆弋班社始终不断。这些班社虽只在府内演出,但其演员主要来自河北乡间的农民子弟,在他们影响下,河北农村的昆弋班尚有相当势力。1915年以后,在梅兰芳极力提倡昆曲的影响与带动之下,河北昆弋演员组班到京演出,主要有“荣庆社”、“同和社”、“福寿社”等,后来成为北昆演员的韩世昌、白云生、侯玉山即出身其中,他们对北昆的发展和延续起到很大的作用。
昆剧急剧衰落,梆子、皮黄勃兴,迫使昆剧演出与剧本创作不断挣扎着出新,出现了一些新戏,即“小本戏”、“新戏”和“灯戏”。剧目主要有:《红楼梦》、《呆中福》、《折桂传》、《描金凤》、《三笑姻缘》、《双珠凤》、《红菱艳》、《昆山记》、《双玉凤》等小本戏,《白牡丹》、《调新娇》、《玉堂金瓶》、《合欢乐》、《金蟾玉燕》等新戏,《火云洞》、《白蛇传》、《财运合》、《洛阳桥》、《神仙乐》、《五福堂》等灯戏。其间出现了高昌寒食生等一些剧作家。
吴梅(1844-1939)是清末民初在昆剧创作和理论研究上最有影响和最有贡献的作家,对于戏曲教育方面也卓有成就。重要的蓍作有《顾曲麈谈》、《词余讲义》、《中国戏曲概论》、《南北词简谱》等,此外,吴梅也有一些剧作传世。
昆曲从明万历年间风行全国至清末,以清唱为主的“清工”始终不绝。在江苏、浙江、北京等地,业余曲社活动极为普遍,如苏州的“道和”、“振声”(吴梅主办),上海的“赓春”、“平声”等。娄县(今属松江)俞宗海(粟庐,1847-1930)是近代叶堂正宗传人,他先后在苏沪两地授曲多年。曲社社友和昆剧艺人之间的关系也很密切,各曲社都聘请艺人拍曲说戏。曲社的活动以清唱为主,但由于个人的长期悉心钻研表演艺术,一些业余曲友也跻身昆剧表演艺术家之列,南方有徐凌云、俞振飞(粟庐之子,1931年登台成为京昆演员),北方有溥侗(爱新觉罗氏,1871-1952)。
1921年,苏州的贝晋眉、张紫东、徐凌云,在上海资本家穆藕初的资助下,在苏州创办了昆剧传习所,教师主要是全福班的后期艺人,有沈月泉、沈斌泉、吴义生、许彩金、尤彩云,学员都是贫苦子弟,也有少数是全福班老艺人的子弟或亲戚。入所学生出科后以“传”字排名,较著名的有顾传介(王介)、朱传茗、周传瑛、张传芳、郑传鉴、沈传锟、沈传芷、姚传芗、王传淞、华传浩等。三年学习届满,到上海公演,五年后停办,随即以“新乐府”、“仙霓社”名义,在上海及江南各地演出。抗战发生后,“传字班”被迫解体,仙霓社最后十二位艺人各奔东西,或做“拍先”度日,或转向其它剧种班社,或贫困潦倒。传字辈艺人在昆剧没落时期为昆曲艺术的传承起了极其重要的作用。